Es la entidad defensora del pueblo frente a los actos administrativos o las omisiones de las autoridades que no respetan la dignidad elemental de todas las mujeres y los hombres que viven en Jalisco. Interviene cuando se denuncian posibles violaciones de derechos humanos.

Es un organismo de participación ciudadana, dotado de plena autonomía respecto de las autoridades, los partidos políticos, las instituciones sociales y los grupos religiosos. Se le considera una magistratura de conciencia basada en el prestigio y la calidad moral del ombudsman o defensor del pueblo, definido como un equipo de trabajo encabezado por su Consejo Ciudadano y su presidente. Propone una permanente reflexión ética a los servidores públicos y a los ciudadanos; expone ante la opinión pública sus recomendaciones para que se discutan y todos los sectores sociales estén informados y sean parte activa en la promoción y defensa de los derechos humanos.

La CEDHJ es también un organismo mediador entre la autoridad y los ciudadanos, que busca proponer fórmulas conciliatorias de resolución de conflictos entre una y otros, cuando la naturaleza de la violación o menoscabo de un derecho lo permite. Le corresponde ventilar públicamente los casos graves derivados de una mala actuación de los servidores públicos y la manera de restituir el daño y corregir de fondo las causas de su comportamiento.

A los derechos humanos no hay que justificarlos, ya que con relativa facilidad se obtiene el acuerdo cuando se les enuncia, sino protegerlos ante el argumento de que en la realidad es difícil hacer efectivos sus principios. Cuando se trata de llevar a cabo acciones para su defensa, comienzan las reservas y las oposiciones.